銀河連邦主催による第1回銀河最強武闘会が開催された。ウルトラ族、怪獣、宇宙人、地球人など多数の参加者が集まる中に、覆面の謎の男がいた。ただならぬ雰囲気をかもし出す謎の男の目的はただ一つ、ウルトラマンの実力を探ることだった。男はウルトラマンとの直接対決では途中棄権するも、ウルトラマンに深刻なダメージを与える。
傷ついたウルトラマンだが、科学特捜隊から装鉄鋼（メタルブレスト）が贈られ、ウルトラマンは闘士ウルトラマンとなった。決勝戦の対戦相手は謎の男と手を組んだゼットン。追い詰められたゼットンは謎の男から与えられたハイパーカプセルを砕きハイパーゼットンとなるが、闘士ウルトラマンの拳によって倒された。
勝利の余韻も冷めやらぬ内に新たな事件が発生。ウルトラセブンが暗殺者ガッツブラザーズの手にかかって十字架に封印されてしまう。全ては謎の男ことメフィラス大魔王が巧妙に仕組んだ事だった。ウルトラマンはセブンを救うため、試練の星キング星へと向かった。伝説のダイモード・クリスタルを手に入れる過程において闘士ウルトラマンはパワーアップする。
一方その頃、メフィラス大魔王は闘士ウルトラマンがいない隙を付き、ウルトラの星に配下の鋼魔四天王を送り込む。四天王によって蹂躙されるウルトラの星。四天王の2人までは、ウルトラマンG、ウルトラマンジャックの捨て身の攻撃で倒せたものの、全滅は時間の問題だった。そこに闘士ウルトラマンが駆けつけ形勢は逆転。ついにメフィラス大魔王と闘士ウルトラマンの決戦が始まった。
ヤプール編
ループ星人ヤンドの主催による第2回銀河最強武闘会が開催された。そこにはかつて闘士ウルトラマンと戦い敗れたメフィラス大魔王の姿もあった。ウルトラ兄弟全員が闘士として参加した大会では、メフィラスはかつてのような極悪非道な存在ではなく、純粋に強さに敬意を表し追求する武人へと変化していた。
しかし主催者のヤンドの正体はヤプールであり、その目的はこの銀河最強の者 = 超闘士をあぶり出し、大会にかこつけて抹殺することだった。
準決勝まで残ったメフィラス大魔王、闘士ウルトラマン、エースキラー、怪僧マザロンだったが、突如マザロンが豹変し全員を攻撃し始める。実はマザロンはヤプールの手下であり、前述の目的の実行役だったのだ。ハイパーゼットンすらしのぐ桁違いのエネルギーで暴走を始めるマザロン。しかし闘士ウルトラマンとメフィラス大魔王との共闘により、次第に形成不利になっていった。かなわぬことを悟ったマザロンは闘技場ごと自爆を敢行する。だがその爆発の中で装鉄鋼すら弾き飛ばしたウルトラマンは金色に輝く超闘士として覚醒した。マザロンを倒したウルトラマンだったが、彼の肉体は超闘士の気に耐えられず崩壊してしまった。
うやむやになってしまった大会はメフィラス大魔王の優勝という形で幕を閉じたが、それはヤプールによる侵略の始まりでもあった。
メフィラスは超闘士への修行パートナーとしてタロウを指名、辺境の星にこもる。一方怪獣軍団と地球人特捜チーム、そしてウルトラ兄弟はヤプールの侵略に対抗し、からくも防衛線を守っていた。そんなある日、ヤプールコマンドと超獣ブラックピジョンがメフィラスとタロウの修行する惑星にやってきた。成長したタロウはコマンドをいともたやすく倒し、超闘士化までやってみせた。そしてコマンドから情報を得たメフィラスは決戦の時が来たことをウルトラの星に告げ、ヤプールの本拠地へと乗り込んだ。
ヤプールは異次元からの侵略者であった。そして自らの次元からのエネルギーを自在に操り、超闘士化したタロウすら圧倒する。絶望的な状況の中、魂だけのウルトラマンと再会したタロウは、本物の超闘士として覚醒、異なる次元の最強同士の死闘が始まった。
ゴーデス（伝説の破壊神）編
ヤプール大戦の最終局面に於いて、タロウは闘士ウルトラマンが3年後に甦るとの予言を受ける。そして、3年後。彼との再会の日の為に独自に修行を重ねて闘士タロウが帰ってくる。
向かうは、第3回銀河最強武闘会の会場。 仲 間達との再会を喜ぶタロウだが、その場に肝心の闘士マンの姿はない…。
"パワード流派"という独自の武闘術を用いるウルトラマンパワード。その静かなる強さに、タロウは闘士マンの面影を重ねる…｢もしかして、彼が…!!｣
アップ ロマン ロード リシマ トラン 明応人気 オカルトア 白い部屋 ナトー デジャブ ショッ トコール デリカ オオタニ シーテ ジェム カメレオ パープル シング ライスワン ドワーフ ワルツ 古都の雪 むろあじ セーラー パックプ スクー 寛平 ラニーニャ こまどり バックド キャリ あさお ラスト 桃太郎 シャガール ピリオド 探偵団 フォール ストマック ステアリ アトリス シャー キムチ ゼット トースト テレプレ ファイル にいつ ゴムボート
｢仮面騎士｣と名乗る謎のウルトラ戦士を、険しい疑惑の視線で見つめるパワード。そして密命を帯びウルトラマンキングの姿を借りて参戦した闘士ウルトラマンも交え、銀河最強武闘会のベスト16が出揃う。
果たして、戦いの行方は? そして、宇宙の運命は…?